risa-takahashi 不具合が発生するということで申し訳ありません。Nateからすでに返信している通り、不具合の内容についてご教示いただけますと幸いです。
バージョンを固定する方法についてですが、バージョン設定で 最新の安定版
を選択していると常に最新の安定版が使用され、4.2最終版
を選択していると常に最新のパッチバージョンにアップデートされます。

※現時点では同じ設定のように見えるかもしれませんが、例えば今後Spine 4.3がリリースされた際、もし最新の安定版
を選択していたら自動的に4.3にアップデートして起動します。4.2最終版
を選択していた場合、Spine 4.2の中で最もパッチバージョンが進んでいるものを起動します。
もし起動するエディターバージョンを4.2.20に固定したい場合は、バージョン欄をスクロールダウンして4.2.20を選択すればパッチバージョンが自動的に更新されることはなくなります。
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ただし、基本的にパッチバージョン(末尾の2桁)の更新は安全ですので、常に最新のパッチバージョンを使用することが推奨されます。
ご報告いただいた内容によればJSON形式でエクスポートしたデータに不具合があるとのことですが、スケルトンデータに影響が出るような不具合は非常に重要な問題ですので、詳細をご連絡いただきましたらすぐに修正させていただきます。